木造３階建ての家を検討しています。木造では内断熱と外断熱どちらが日本の気候には適しているのでしょうか？

一時の流行は落ち着いたようですが外張り断熱が良くて、充填断熱は良くないという図式を鵜呑みにする方がまだ少なくないようです。
充填断熱工法でも自然素材を使用し、壁内の通気をちゃんと確保することで断熱性能は確保できます。
仮に壁体内の湿気を含んだ室内空気が、壁仕上げ材料を通り抜けて壁内に進入したとしても壁仕上げが珪藻土・漆喰などの自然素材であれば通過中に水分調整がされ壁内結露も心配事はありません。
流行は何らかの意図があってコントロールされる場合があります。
流行に惑わされずに構造や工法、使用する材料や地域環境によって、最適な断熱工法を検討する必要があると思います。

１階にガレージのある３階建てを考えています。木造住宅を考えているのですが耐震性に不安があります。木造在来工法、軽量鉄骨造どちらが向いているでしょうか？

耐震性は構造計算によりどちらも設計します(木造の体育館もあります)ので一概には言えません。
耐火性能は木造の方が上です。

床材を無垢材にするか普通のフローリングにするか悩んでいます。無垢材にするメリットとデメリットを教えてください。

無垢材は、合板フローリングと比べて肌触りのよさ、暖かさ、多少の傷なら削って塗装することにより補修が可能、見た目の良さ等がメリットです。
デメリットとしては多少収縮する、他社では価格が高いというところでしょうか。
ただ、メリットとデメリットだけで考えるなら以上のようなことが考えられますが、一般の合板フローリングは、やはり価格・手入れ・品質・施工性などをよりよくするため普及しており、「便利」の中で生まれたものです。
それに引き換え、無垢材のフローリングは自然を重視しています。
前文で挙げるようなこともありますし、施工の手間もかかりますし、手入れも若干かかります。
ですが、質感・見た目はやはり無垢材のほうが良いと思います。
「便利」を選ぶか「自然」を選ぶかではないでしょうか。

トイレ・洗面所等水を使う場所の床材を無垢の床にするか、クッションフロアーにするか迷っています。本当は無垢材にしたいのですが、手入れのことを考えるとちょっと心配です・・・

弊社では塗装された無垢材を使用しますので、通常のご使用であれば特別な手入れはありません。
ですが、ずぶ濡れ状態は避けてください。
またクッションフロアー（ＣＦ）でも張ってある表面は良いでしょうが、細部から水などがしみ込むと中の下地が腐り、表面のＣＦによって乾きが悪くかえって悪いと思います。

新築を検討しています。オール電化を考えていますが、初期費用の事を考えるとガスとどちらが良いのか迷っています。月々の光熱費はどの程度変わってくるのでしょうか？

弊社ではオール電化の方が良いとご説明しています。
初期費用等考えてもガスよりお得であると思います。
しかし、初期費用は施工会社によって違いもありますし一概には言えません。
また、ランニングコストなどの面では施工会社の断熱性能（冷暖房費）に左右されますので、お近くの電力会社のご説明（ランニングコストシュミレーション）を伺ってみたらいかがでしょうか。